APUFAT surgió el 03 de Abril de 1968 cuando un grupo de egresados universitarios que laboraban en la administración de esta universidad, iniciaron un movimiento con el propósito de luchar por los valores de la institución, la valoración de la actividad profesional y la firme defensa de sus reivindicaciones. La iniciativa se cristalizó el 09 de Agosto de 1972 con la legalización de APUFAT.

Se elige la primera JUNTA DIRECTIVA y se elaboran sus primeros estatutos.  No obstante, independientemente del impulso dado en sus inicios, con el paso del tiempo, la Asociación no fue asumida con decisión ni gerenciada con efectividad, lo cual trajo como consecuencia la dispersión, el no reconocimiento del gremio, la indefinición y la no consecución de los objetivos que se plantearon en su constitución.

Esta situación, dio origen al surgimiento de un Comité por el Rescate de APUFAT denominado CRAPUFAT, que el 22 de Enero de 1987 inicia su plan de acción culminando el 10  de Junio de 1988 con un informe evaluativo del sector profesional y con propuestas muy concretas en materia de desarrollo profesional y salarial.  Ello ameritó que, en Asamblea General fuesen los miembros de CRAPUFAT ratificados como Junta Directiva, asumiendo ésta, el reto de adelantar una gestión gremial basada en nuevos paradigmas.

En 1994 la organización logró su carácter de Sindicato, según Boleta de Inscripción  N° 61 de la Inspectoría Nacional y Asuntos Colectivos del Trabajo del Ministerio del Trabajo. Desde entonces se puede mostrar como  resultado del trabajo realizado,  que el 14 de Julio de 1993 se aprobó el  Sistema de Desarrollo Profesional (Vigente desde el 01 de Enero de 1992) y el 20 de Febrero de 2002, se firmó la I Convención Colectiva de Trabajo APUFAT-UCV.